Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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pleniaires:pleniere23mai2019 [2019/05/23 08:22] – [Programme] david.parsons | pleniaires:pleniere23mai2019 [2019/05/24 11:02] – fconil | ||
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- | L' | + | L' |
Le thème retenu cette année est : **La reproductibilité en pratique : méthodes et outils** | Le thème retenu cette année est : **La reproductibilité en pratique : méthodes et outils** | ||
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* Quel code : comment l' | * Quel code : comment l' | ||
* Est-ce que l' | * Est-ce que l' | ||
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- | ====== Adresse et Accès ====== | ||
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- | ICBMS - Bâtiment Edgar Lederer | ||
- | 1 Rue Victor Grignard | ||
- | 69622 Villeurbanne | ||
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- | Lien Openstreetmap : [[https:// | ||
====== Webcast ====== | ====== Webcast ====== | ||
- | Cette journée | + | Cette journée |
====== Questionnaire de satisfaction ====== | ====== Questionnaire de satisfaction ====== | ||
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| ::: ^ 11h30-12h00 | **Panorama des solutions de diffusion et d’installation des codes logiciels dans un contexte HPC largement multi-utilisateurs**\\ {{ : | | ::: ^ 11h30-12h00 | **Panorama des solutions de diffusion et d’installation des codes logiciels dans un contexte HPC largement multi-utilisateurs**\\ {{ : | ||
| Midi ^ 12h00-14h00 | Pause repas | | | | Midi ^ 12h00-14h00 | Pause repas | | | ||
- | | Après-midi ^ 14h00 - 14h07 | **Lightning talk : Pipelines nextflow** | Jeremy Ganofsky - ENS Lyon | | + | | Après-midi ^ 14h00 - 14h07 | **Lightning talk : Pipelines nextflow** |
| ::: ^ 14h08 - 14h15 | **Lightning talk : Portail web pour soumettre, formater et partager des jeux de données dans R**\\ {{ : | | ::: ^ 14h08 - 14h15 | **Lightning talk : Portail web pour soumettre, formater et partager des jeux de données dans R**\\ {{ : | ||
- | | ::: ^ 14h15 - 15h00 | **Présentation du MOOC Recherche Reproductible**\\ Utilisation d'un serveur Gitlab pour réaliser tous les exercices du MOOC, d'un espace personnel Jupyter par apprenant (Jupyterhub) avec un système de gestion de version simplifié. | Laurence Farhi\\ Benoit Rospars\\ INRIA LEARNING LAB Grenoble | | + | | ::: ^ 14h15 - 15h00 | **Présentation du MOOC Recherche Reproductible**\\ Utilisation d'un serveur Gitlab pour réaliser tous les exercices du MOOC, d'un espace personnel Jupyter par apprenant (Jupyterhub) avec un système de gestion de version simplifié. |
| ::: ^ 15h00 - 15h30 | **Au-delà des conteneurs : environnements logiciels reproductibles avec GNU Guix**\\ La reproductibilité des expériences impliquant du logiciel est un enjeu scientifique majeur. Docker et Singularity peuvent répliquer un environnement logiciel à l’identique mais permettent difficilement d’aller au-delà et d’expérimenter. | | ::: ^ 15h00 - 15h30 | **Au-delà des conteneurs : environnements logiciels reproductibles avec GNU Guix**\\ La reproductibilité des expériences impliquant du logiciel est un enjeu scientifique majeur. Docker et Singularity peuvent répliquer un environnement logiciel à l’identique mais permettent difficilement d’aller au-delà et d’expérimenter. | ||
| ::: ^ 15h30 - 15h45 | Pause | | | ::: ^ 15h30 - 15h45 | Pause | | ||
- | | ::: ^ 15h45 - 16h30 | **Execo a library to manage unix processes on thousands of remote hosts**\\ It is well designed for:\\ - prototyping experiments on distributed systems\\ - automatize admin tasks\\ - create reproducible experiments | Laurent Pouilloux - EC Lyon | | + | | ::: ^ 15h45 - 16h30 | **Execo a library to manage unix processes on thousands of remote hosts**\\ It is well designed for:\\ - prototyping experiments on distributed systems\\ - automatize admin tasks\\ - create reproducible experiments |
| ::: ^ 16h30 - 17h00 | **Bistro: a library to build large-scale workflows in computational biology (OCaml)**\\ Computational pipelines for analyzing high-throughput genomics datasets typically consist of tens to hundreds of shell commands, generating thousands of files and running for days or weeks. While becoming rather complex pieces of software, they are most of the time still programmed using rudimentary tools like shell scripts, which offer very little help to develop large and reusable programs. In addition to being error-prone, | | ::: ^ 16h30 - 17h00 | **Bistro: a library to build large-scale workflows in computational biology (OCaml)**\\ Computational pipelines for analyzing high-throughput genomics datasets typically consist of tens to hundreds of shell commands, generating thousands of files and running for days or weeks. While becoming rather complex pieces of software, they are most of the time still programmed using rudimentary tools like shell scripts, which offer very little help to develop large and reusable programs. In addition to being error-prone, | ||
- | | ::: ^ 17h00 - 17h30 | **La plateforme web " | + | | ::: ^ 17h00 - 17h30 | **La plateforme web " |
====== Accès Wifi ====== | ====== Accès Wifi ====== | ||
Les réseau Eduroam et Eduspot sont disponibles sur le site et vous pouvez demander via la fiche d' | Les réseau Eduroam et Eduspot sont disponibles sur le site et vous pouvez demander via la fiche d' | ||
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- | ====== Inscription ====== | ||
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- | Le formulaire de demande d' | ||
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- | Les demandes d' | ||